天然杂交辣椒为常异交作物，自然杂交率在10%以上，在开花授粉期，由于昆虫的传粉而发生天然杂交，正常的情况下，一块地不会种植一个品种，可能会种植许多个品种，这样就很容易引起天然杂交，产生大量品种间杂交种子，杂交种子不稳定，变异性大，导致良种退化。
机械混杂辣椒经播种、育苗、移栽、定植到采收、晾晒等过程中，由于工作程序多，这就容易使不同品种间的种子相互混杂，使良种的纯度降低，这也是目前良种混杂退化的原因之一。 自然环境的选择良种在自然环境下生长会产生。些不良变异，这些不良变异在不进行人工选择去杂的情况下，会逐渐增加，从辣椒的一些重要性状看，自然环境选择和人们对良种的要、求是不一致的，这也是辣椒良种易发生退化的又一原因。
主要预防方法加强人工选择，做好良种培育和繁殖实行三圃制，即采用株行圃、株系圃、原种圃的三圃制选种繁育方法，可生产优质原种；实行种子田繁育种子选种法，这样也可以每年获得良种；采用田间简易选种法，在田闻丰产性状好的田块进行优良单株的选择，然后混收留种，这样也可提高种子的纯度。培育和繁殖都要在良好的栽培条件下做出合理的选择生长发育健壮、田间纯度高的辣椒田作留种田，严格除杂去劣。防杂保纯尽量坚持一块地一个品种的原则不同品种种植间隔至少要500米以上，以减少昆虫传粉所引起天然混杂。从种到收，要严格每一环节，防止机械混杂，确保良种的纯度。做好种子的选择和贮藏辣椒良种采收后，要及时选择除去不良种果，种子不能放在水泥地上在阳光下晾晒，否则会降低种子发芽率；装袋时1种子含水量要达到8%以下；种子要贮藏在通风、干燥、阴凉处。
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